Med henblik på at understøtte implementeringen af FMK har 
Region Midtjylland, kommunerne i regionen og PLO – Midtjylland underskrevet Implementeringsaftale om oprydning i forbindelse med igangsætningsindsats i forhold til implementering af FMK i kommunerne.

Der er tale om en tidsbegrænset aftale, der i januar 2016 blev forlænget med et halvt år. Aftalen udløber ultimo 2016 og vedrører de borgere, der er i kommunal medicinadministration. I henhold til aftalen foretager de praktiserende læger, på kommunens anmodning, en oprydning i FMK således at medicinkortet på FMK indeholder den medicin, patienten skal have og dermed kan anvendes af hjemmeplejen til medicinadministration.

I henhold til aftalen skal den praktiserende læge foretage den første oprydning og ajourføring i FMK. Herefter påhviler det den enkelte part det vil sige hospital, praktiserende læge eller praktiserende speciallæge at foretage ajourføring i FMK. Forpligtelsen forudsætter, at læger i alle dele af sundhedsvæsenet ordinerer i FMK, og at FMK i øvrigt anvendes korrekt.